蛋白互作图上的一条边，究竟代表实验事实还是预测关系

蛋白互作图上，两个圆点之间出现一条粗线，很容易被读成“这两个蛋白已经被实验确认会直接结合”。但网络图先是一种关系表示：线可能来自物理实验、同一复合物、功能关联、共表达、基因组上下文、文本挖掘或跨物种转移。判断从来不能停在线条本身。

先看这张图采用哪一种网络模式

STRING 2025把网络分为功能、物理与调控模式。功能网络收集的是广义功能关联，两个蛋白可能参与同一过程，却不必直接接触。物理模式表示直接结合，或至少是同一蛋白复合物的成员。调控模式则加入作用方向，试图表示一个蛋白对另一个蛋白活动的调节。

这三个定义不能互换。功能边存在，不足以写成“形成复合物”；物理边存在，也不自动说明谁调控谁；调控箭头出现，仍要查看方向来自实验整理、数据库知识还是自动提取。写研究记录时应先抄下网络模式，再描述边。

同一对蛋白在不同模式中可能同时出现，分数也可能不同。功能网络可以包含物理或调控关系，因为直接接触通常也意味着某种功能联系；反向推论却不成立。看到功能线不能倒推出直接结合。

总分背后是不同性质的证据

STRING把证据拆成多个通道，包括基因邻近、基因融合、跨物种共同出现、共表达、实验、人工整理数据库与文本挖掘。各通道先用自己的方法量化，再通过校准转换为可比较的置信度，最后在证据大致独立的假定下合并。

所以，相同的总分可能来自完全不同的组合。一条边可能有一项强实验证据；另一条边可能由共表达、文本和基因组上下文共同累积。两者在探索网络时都值得看，却支持不同层级的叙述。报告总分时应同时列出主要通道，避免把数字当作机制名称。

文本挖掘发现蛋白名称在文献中共同出现，并不保证文章报告了互作实验；共表达说明丰度变化相似，也可能由共同上游因素产生；基因邻近在原核生物中可提示共同功能，却不是蛋白已经物理接触的影像。每种通道都需要自己的限制语。

实验通道也要继续问检测方法

“有实验支持”仍不是终点。酵母双杂交、亲和纯化质谱、共免疫沉淀、邻近标记和共定位观察的检测对象不同。有些方法更接近成对物理接触，有些会捕捉同一复合物或空间邻近，还可能受表达系统、标签、阈值和样品条件影响。

IntAct从文献与直接提交中整理分子互作，并以细粒度模型保存解释关系所需的实验细节。读者可以查看参与分子、物种、检测方法、互作类型与支持文献，而不是只保留一条边。独立出版物、互补方法和重复条件通常比单次高通量命中更能缩小偶然性，但也不能抹去方法本身的适用范围。

MIscore会考虑检测方法、互作类型与支持出版物数量，实验依据的权重高于预测或文本挖掘。这种分数适合帮助排序，不是效应大小、结合强度或因果方向。高分边仍需回到原始实验，确认样品、构建体与研究问题一致。

二元连线可能压缩了多成员体系

IntAct用户指南提醒，网页查询结果会以二元关系显示，即使原实验报告的是多成员复合物。一个亲和纯化实验捕获一组蛋白时，数据库可能用二元化规则把复杂结果展开成多条边。图形更容易浏览，却可能让读者误以为每一对成员都完成了单独的直接结合实验。

看到同一中心节点连出大量边时，应检查原实验是成对检测还是共纯化体系。若是复合物或共纯化，较稳妥的写法是“在同一实验体系中被共同捕获”或“被整理为物理关联”，不要自动改写成“逐对直接结合”。

反过来，没有边也不等于确定没有互作。数据库覆盖受物种、组织、研究热度、检测方法和版本影响。网络空白可能只是尚未检测、尚未整理，或标识映射没有对上。

物种转移需要单独标记

STRING会依据同源关系把一个物种的关联证据转移到相关物种的蛋白对。这种做法能扩大覆盖，为未充分研究的物种产生可检验假设。它不能证明目标物种已经发生相同互作，因为序列相似之外，表达环境、复合物成员与调控条件仍可能不同。

若研究对象是大肠杆菌，应确认边的底层证据是否来自同一菌株或至少同一物种，还是由其他细菌的同源蛋白转移。物种转移边可以进入候选清单，但应与目标物种直接实验分开统计。

稳定标识也要核对。基因名可能有别名，同一个显示名称在不同物种并不指向同一蛋白。记录数据库访问版本、物种分类号和蛋白稳定标识，可以减少后续下载与复现时的错配。

一条边的最小核对表

先记录网络模式：功能、物理还是调控。然后记录两个蛋白的稳定标识与物种。展开证据通道，区分实验、人工整理、共表达、基因组上下文、文本和同源转移。若有实验，继续抄下检测方法、文献、样品条件与是否为多成员体系。最后记录数据库版本、通道分数与合并分数。

结论写到证据能够支持的位置。只有功能通道时，可说“存在功能关联证据”；有共纯化结果时，可说“在同一体系中共同捕获”；有直接成对实验与独立重复时，才较适合描述物理结合。调控方向、组织特异性和因果效果都需要相应证据，不能从普通连线补出来。

把关键差异写成完整句子会更稳妥：直接结合实验回答分子是否物理接触；共表达或文本共现主要支持功能关联假设，不能互换。数据库把多个证据通道校准后合并成置信度，界面再把复杂实验与来源压缩成一条可视连线。跨物种同源转移和二元显示都可扩大可浏览范围，但不能冒充目标物种的直接实验或完整多成员机制。

实际保存时，记录网络模式、稳定标识、物种、证据通道、检测方法、文献和数据库版本。这个记录让后来的人能够判断同一条边是新增了目标物种实验，还是只有数据库版本、同源映射或文本来源发生变化。

蛋白网络最有价值的用途之一，是把分散证据组织成可以继续实验的候选结构。它不是把所有边一次变成事实。先辨认关系模式，再展开来源、方法、物种与限制，一条线才会从漂亮图形变成可复查的科学陈述。

本文核对资料

• STRING数据库团队：《The STRING database in 2025: protein networks with directionality of regulation》，2024-11-18
• EMBL-EBI IntAct：《The IntAct database: efficient access to fine-grained molecular interaction data》，2021-11-11
• EMBL-EBI IntAct：《IntAct User Guide》，与论文和当前界面交叉核对

资料来源

• STRING数据库团队：《The STRING database in 2025: protein networks with directionality of regulation》，发布或更新于 2024-11-18
• EMBL-EBI IntAct：《The IntAct database: efficient access to fine-grained molecular interaction data》，发布或更新于 2021-11-11
• EMBL-EBI IntAct：《IntAct User Guide》，发布或更新于 2021-11-11